kontrolę podatkową organy podatkowe prowadzą w oparciu o przepisy ustawy Ordynacja podatkowa u podatników, płatników, inkasentów oraz następców prawnych. Celem kontroli podatkowej jest sprawdzenie, czy kontrolowani wywiązują się z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego. Kontrolę podatkową przeprowadza się zawsze z inicjatywy organu podatkowego. Organy podatkowe poza przypadkami wymienionym w ustawie np.: kiedy kontrola dotyczy niezgłoszonej do opodatkowania działalności gospodarczej, zawiadamiają kontrolowanych o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej. I takim przypadku kontrolę podatkową wszczyna się nie wcześniej niż po upływie 7 dni i nie później niż przed upływem 30 dni od dnia doręczenia zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli.

Kontrola podatkowa zawsze jest przeprowadzana na podstawie upoważnienia do przeprowadzenia kontroli podatkowej.

Kontrolę podatkową wszczyna się poprzez:

• doręczenie kontrolowanemu upoważnienia do przeprowadzenia kontroli podatkowej oraz
• okazanie legitymacji służbowej

Kontrola podatkowa może być również wszczęta po okazaniu legitymacji służbowej kontrolowanemu, gdy czynności kontrolne są niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia np.: brak ewidencji na kasie fiskalnej transakcji sprzedaży towaru czy usługi.

Czynności kontrolnych dokonuje się w obecności kontrolowanego bądź jego przedstawiciela. Czynności kontrolne prowadzone są w siedzibie kontrolowanego, ale także w innym miejscu przechowywania dokumentacji oraz w miejscach związanych z prowadzoną przez niego działalnością i w godzinach jej prowadzenia. Jeżeli kontrolujący wyrazi zgodę to czynności kontrolne mogą być prowadzone w siedzibie organu podatkowego. Kontrolujący mają szeregu uprawnień w trakcie czynności kontrolnych a mianowicie:

• wstęp na grunt oraz do budynków, lokali lub innych pomieszczeń kontrolowanego
• wstęp do lokali mieszkalnych
• żądania okazania majątku podlegającego kontroli oraz do dokonania jego oględzin
• żądania udostępniania akt
• zbierania innych niezbędnych materiałów w zakresie objętym kontrolą
• zabezpieczania zebranych dowodów
• legitymowania osób w celu ustalenia ich tożsamości, jeżeli jest to niezbędne dla potrzeb kontroli
• żądania przeprowadzenia spisu z natury
• przesłuchiwania świadków, kontrolowanego oraz innych osób
• zasięgania opinii biegłych

Kontrolujący może w razie uzasadnionej potrzeby wezwać, w pilnych przypadkach także ustnie, pomocy organu Policji, Straży Granicznej lub straży miejskiej (gminnej), jeżeli trafi na opór uniemożliwiający lub utrudniający przeprowadzenie czynności kontrolnych, albo zwrócić się o ich asystę, gdy zachodzi uzasadnione przypuszczenie, że na taki opór natrafi.

Przebieg kontroli kontrolujący dokumentuje w protokole. Stan faktyczny może być ponadto utrwalony za pomocą aparatury rejestrującej obraz i dźwięk lub na informatycznych nośnikach danych

Kontrola podatkowa powinna zostać zakończona bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie wskazanym w upoważnieniu. O każdym przypadku niezakończenia kontroli w terminie wskazanym w upoważnieniu, kontrolujący obowiązany jest zawiadomić na piśmie kontrolowanego, podając przyczyny przedłużenia terminu zakończenia kontroli i wskazując nowy termin jej zakończenia. Na zakończenie kontroli kontrolujący otrzymuje protokół.

Kontrolowany, który nie zgadza się z ustaleniami protokołu, może w terminie 14 dni od dnia jego doręczenia przedstawić zastrzeżenia lub wyjaśnienia, wskazując równocześnie stosowne wnioski dowodowe. Natomiast kontrolujący jest obowiązany rozpatrzyć zastrzeżeni i w terminie 14 dni od dnia ich otrzymania zawiadomić kontrolowanego o sposobie ich załatwienia, wskazując w szczególności, które zastrzeżenia nie zostały uwzględnione, wraz z uzasadnieniem faktycznym i prawnym.

W przypadku jeżeli kontrolowany nie złoży wyjaśnień lub zastrzeżeń w terminie 14 dni, przyjmuje się, że kontrolowany nie kwestionuje ustaleń kontroli. Kontrola zostaje zakończona w dniu doręczenia protokołu kontroli.